El territorio comprende unas 13.700 islas, distribuidas en sus casi dos millones de kilómetros cuadrados de superficie total. Las más destacadas son las de Sumatra, Java, Sulawesi (Célebes), Irian Jaya y Kalimantan, en la Isla de Borneo y que constituyen casi el 90% del área total de la república. El resto de las islas bien pueden clasificarse en dos grupos: las Islas Menores de la Sonda (Bali, Flores y Timor) y Las Molucas o Islas de las Especias (Halmahera, Ceram y Buru son las más importantes, aunque la más conocida es Ambon).

Las islas meridionales constituyen la parte emergida de imponentes cadenas montañosas, formadas en el mismo período del plegamiento alpino-himalayo. En la actualidad, dichos plegamientos se manifiestan en las cadenas montañosas, alcanzando alturas importantes, que ocupan la parte meridional de Sumatra, todas las islas de la Sonda, buena parte de Borneo, las Molucas y las Célebes.

Las islas difieren entre sí no sólo en tamaño, sino también en relieve, aun cuando todas ellas, a excepción de las más pequeñas -como ya hemos apuntado-, tienen alturas considerables y en muchas de sus áreas prosigue la actividad volcánica, muy especialmente en el centenar de volcanes que hoy en día se mantienen activos.

Existen diferencias geográficas básicas entre islas como Sumatra, Java, Irian y Borneo, que se levantan sobre rocas, y las islas como Sulawesi, Las Molucas y los islotes de la Sonda, que surgen abruptamente de la profundidad de los mares. Así pues, a lo largo de la costa meridional de Sumatra y el flanco septentrional de Irian Jaya surgen, de manera continua, cadenas montañosas de gran altura a partir de las mismas orillas del mar.

En cambio, sus costas, que están situadas en la parte opuesta, son bajas y están bordeadas de amplias extensiones de marismas. Por el contrario, la isla de Sulawesi es montañosa y escasa en tierras bajas. Parecidas condiciones, aunque en menor escala, se repiten en la mayoría de las islas menores de la Sonda y en las Molucas.

Java se distingue porque las marismas a lo largo de su costa septentrional cubren sólo una estrecha franja, al tiempo que sus montañas interiores no forman una cordillera continua, sino que están constituidas por una serie de grandes conos volcánicos separados entre sí, en su mayor parte, por un terreno que desciende suavemente y es relativamente bajo.